Manja Klemenčič mène des recherches, enseigne, conseille et agit en tant que consultante dans les domaines de la sociologie et de la politique de l'enseignement supérieur, de l'enseignement supérieur européen et de l'enseignement supérieur comparé. Sa contribution majeure à la recherche porte sur l'étude des gouvernements étudiants et de la représentation étudiante dans l'enseignement supérieur, ce qui s'inscrit dans un programme de recherche plus vaste sur l'action étudiante et l'impact des étudiants sur l'enseignement supérieur. Ses ouvrages les plus récemment publiés comprennent The Bloomsbury Handbook of Student Politics and Representation in Higher Education (accès libre) (2024), From Actors to Reforms in European Higher Education (2022),  The Routledge International Handbook of Student Centered Learning and Teaching in Higher Education (2020), et The International Encyclopedia of Higher Education Systems and Institutions (2020). 

Ses trois cours phares dispensés à Harvard - SOCIOL1104 Sociologie de l'enseignement supérieur, SOCIOL1130 Leadership étudiant et service dans l'enseignement supérieur (bande-annonce) et GENED1039 Enseignement supérieur : étudiants, institutions et controverses - ont remporté à plusieurs reprises les prix d'excellence en enseignement de Harvard. Six fois de suite, elle a été élue par les Harvard Yearbook Publications comme l'une des professeures les plus influentes par la promotion sortante (’19, ’20, ’21, ’22, ’23, ‘24). En 2020, elle a reçu le prix John R. Marquand pour l'excellence en matière de conseil et de soutien aux étudiants, et en 2021, elle a été lauréate du Prix Phi Beta Kappa Alpha-Iota pour l'excellence en enseignement au Harvard College, Faculté des Arts et des Sciences.

Depuis 2014, Klemenčič est rédacteur en chef de European Journal of Higher Education (Routledge Education, Taylor & Francis), depuis 2015, co-éditeur de la série de livres universitaires Understanding Student Experiences in Higher Education (Bloomsbury) et depuis 2022, co-éditeur de la série de livres Higher Education Dynamics (Springer).

Manja intervient régulièrement en tant qu'évaluatrice et consultante auprès d'organisations internationales, notamment la Commission européenne, la Banque mondiale et l'UNESCO, ainsi qu'auprès de gouvernements nationaux, d'agences de recherche et d'agences d'assurance qualité. Elle est co-auteure du rapport analytique Cartographie et analyse des pratiques d'apprentissage et d'enseignement centrées sur l'étudiant : des connaissances exploitables pour soutenir un enseignement supérieur de haute qualité plus inclusif (Office des publications de l'Union européenne, 2020). De 2022 à 2024, elle participe en tant que membre d'un groupe d'experts central à une étude pour la Commission européenne évaluant le potentiel transformateur et l'impact de l'Initiative Universités Européennes. À Harvard, elle est co-présidente de la série de séminaires du Mahindra Center intitulée : Universités : passé, présent et futur, et membre du Conseil sur la liberté académique à Harvard.