La structure officielle de l'AIU a été établie par l'UNESCO lors de la Conférence préparatoire des représentants universitaires à l'Université d'Utrecht en 1948. Cette structure comprenait la Constitution de l'AIU et les Statuts de l'AIU. L'Association a été officiellement fondée en décembre 1950 à Nice, en France, lors de la première Conférence générale de l'AIU. Les membres fondateurs de l'Association peuvent être consultés ici.